Канат Шарлапаев окончил Саратовский социально-экономический университет и Cranfield School of Management (Великобритания).
Долгое время работал в британском инвестбанке "Сити". В 2015 году стал главным финансовым директором, а затем заместителем председателя правления и старшим вице-президентом "Ситибанк Казахстан". В 2017-2020 годах занял должность главного финансового директора по России, Украине и Казахстану инвестиционного банка "Сити". А в 2020-2022 годах работал региональным директором по стратегии, планированию и анализу на развивающихся рынках Африки, Ближнего Востока и Восточной Европы.
C 2022 года стал председателем правления и членом совета директоров национального управляющего холдинга "Байтерек". В конце 2022 года получил гражданство Казахстана.
4 сентября 2023 года указом Президента Касым-Жомарта Токаева Канат Шарлапаев назначен министром промышленности и строительства.
На новом посту курировал переход "АрселорМиттал Темиртау" под государственное управление.