Ернур Айткенов родился 4 сентября 1965 года в Павлодарской области, Майский район, село Жалтыр.
Образование получил в Семипалатинском зоотехническо-ветеринарном институте (1989), специализация — зооинженер, а также получил степень бакалавра (2014) и магистра экономики и бизнеса (2015) в Инновационном Евразийском университете.
Трудовой путь начал зоотехником, занимал различные руководящие должности в сельском хозяйстве, включая директора коллективного сельскохозяйственного предприятия "Акжарский", акима районов Павлодарской области (Майского, Баянаульского, Аққулы, Тереңкөл), а также руководил управлением сельского хозяйства Павлодарской области.
С 2021 по 2023 годы занимал пост секретаря Павлодарского областного маслихата.
За трудовую деятельность награжден орденом "Құрмет", медалью "Ерен еңбегі үшін", а также юбилейными медалями "Қазақстан Конституциясына 20 жыл", "Қазақстан Конституциясына 25 лет", "Қазақстан Республикасының Тәуелсіздігіне 30 лет".
Почетный гражданин Баянаульского района Павлодарской области.