Сакен Арубаев родился 11 декабря 1976 года в селе Малые Камкалы Мойынкумского района Жамбылской области.
В 1998 году окончил Таразский государственный университет им. М. Х. Дулати по специальности инженер-землеустроитель, а в 2006 году — бакалавра экономики.
Трудовую деятельность начал в 1998 году инженером-землеустроителем Жамбылского областного научно-производственного землеустроительного центра, затем работал главным специалистом Жамбылской областной земельной инспекции.
В 2004 году стал помощником акима Жамбылской области, а с 2006 по 2019 годы занимал должности акима различных районов Жамбылской области, включая Мойынкумский и Жамбылский районы.
С 2019 года трудился акимом Шуского района, а затем был заместителем руководителя управления координации занятости и социальных программ акимата Жамбылской области.
Награжден юбилейной медалью «Қазақстан Республикасының Тәуелсіздігіне 20 жыл» (2011 г.) и орденом «Құрмет» (2021 г.).
