Асаин Байханов закончил Павлодарский университет ("Экономика и менеджмент") и Московский государственный университет имени Ломоносова.
В разное время работал в банковском секторе, занимал руководящие должности в немецком международном банковском холдинге ProCredit Holding AG, был исполнительным директором ЗАО "ПроКредит Украина" в Киеве. С 2007 по 2009 год - заместитель председателя правления АО "Нурбанк". С 2009 по 2015 год занимался предпринимательской деятельностью в сельском хозяйстве.
В 2015 году стал заместителем председателя правления АО "КазАгроПродукт" (входить в группу национального холдинга "КазАгро"). В 2020 году получает должность заместителя акима Павлодарской области. Тогда регионом руководил Абылкаир Скаков.
В июле 2021 года Асаин Байханов стал акимом Павлодара. 7 декабря 2022 года Касым-Жомарт Токаев назначил его акимом Павлодарской области. Байханов сменил на посту Скакова, который потерял должность после аварии на ТЭЦ Экибастуза.
В ноябре 2023 года, отвечая на вопросы журналистов, Асаин Байханов рассказал, что у него четверо детей, двое из которых уже окончили университет и живут в Алматы.
Он подчеркнул, что ни один из его родственников не работает на государственной службе или в квазигосударственном секторе.
Асаин Байханов любит верховую езду и даже проводит прямые эфиры на лошади.