Марат Ахметжанов окончил в 1991 году Карагандинский государственный университет (юрист). Мастер спорта по дзюдо.

Трудовую деятельность начал в 1991 году стажером прокуратуры Темиртау. В 1993-1996 годы – старший следователь по особо важным делам Специальной прокуратуры по борьбе с коррупцией, затем начальник отдела региональных следователей управления по расследованию особо опасных преступлений.

С 1996 по 1998 год руководил управлением по расследованию особо опасных преступлений. В 1998-2001 годы работал в Министерстве юстиции. В 2001-2003 годы – начальник департамента по надзору за законностью в органах следствия и дознания Генеральной прокуратуры. В 2003-2006 годы – прокурор Павлодарской области. В 2006-2009 годы – прокурор Южно-Казахстанской области. В 2009-2012 годы – председатель Комитета по правовой статистике и специальным учетам.

В 2012 году переходит на работу в Агентство по борьбе с экономической и коррупционной преступностью. В 2014-2016 годы – руководитель департамента по делам государственной службы и противодействию коррупции Атырауской области, затем руководитель департамента Национального бюро по противодействию коррупции Атырауской области.

В 2016 году становится заместителем генерального прокурора, а в 2021 году возглавляет Антикоррупционную службу. В 2022 году становится министром внутренних дел.

5 сентября 2023 года Касым-Жомарт Токаев назначил Марата Ахметжанова акимом Акмолинской области.

Награжден орденами "Құрмет", "Даңқ" ІІ степени, "Даңқ" І степени, МПА СНГ "Содружество".

Брат Марата Ахметжанова - Ануар Ахметжанов - занимает должность заместителя председателя правления по стратегии и цифровизации "Қазақстан темір жолы".